ヒノキ科（広義） Cupressaceae (sensu lat.)
裸子植物の新しい系統分類では
エングラー分類体系のスギ科を包含し、
コウヤマキ科を分離して、新しいヒノキ科を定義している。
世界に32属、166種が知られ、日本には5属、11種が自生する。
以下、広島県に自生または栽培されている種類を示す。
裸子植物の新しい系統分類
Christenhuszら(2011)*は、裸子植物についての分子生物学、形態学的系統学の成果をまとめ、新たな分類と配列順序を提案している。これによると、ヒノキ科を大きく捉え、スギ科をその中に含めている。一方、コウヤマキ科は独立させている。被子植物のAPG体系と並列するときの裸子植物の体系として、以下の表を用いる。
（日本に自生、普通に栽培されているもの）
ソテツ亜綱
ソテツ目
ソテツ科 Cycas
イチョウ亜綱
イチョウ目
イチョウ科 Ginkgo
マツ亜綱
マツ目
マツ科 Cedrus,
Pinus,
Picea, Pseudotsuga,
Larix,
Tsuga, Keteleeria,
Abies
ナンヨウスギ目
ナンヨウスギ科 Araucaria
マキ（イヌマキ）科 Podocarpus (Nageiaを含む)
ヒノキ目
コウヤマキ科 Sciadopitys
ヒノキ科 Cunninghamia,
Metasequoia,
Sequoia,
Cryptomeria,
Taxodium, Libocedrus,
Thuja,
Thujopsis,
Chamaecyparis, Cupressus,
Juniperus,
Platycladus
イチイ科 Taxus, Cephalotaxus, Torreya
* Christenhusz, M. & al.(2011) A new classification and linear sequence of extant gymnosperms. Phytotaxa 19: 55–70.
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